El balanç de l’aigua cal entendre’l com el tractament del conjunt d’aspectes relatius a la gestió de l’aigua d’un determinat territori de manera integrada. Aquest procés s’inicia amb les diverses formes de captació de l’aigua, tant superficials com subterrànies, i finalitzat en el seu abocament final, ja sigui dels residus agrícoles i ramaders, com industrials i també domèstics procedents de nuclis urbans i nuclis més isolats.

Cal tenir en compte que els balanços hídrics entre un any sec i un altre humit poden mostrar xifres força distant a la comarca. El balanç hídric es pot obtenir mitjançant la suma dels volums d’aigua precipitats, més el volum d’aigua per escorrentia i les reserves d’aigua dels aqüífers, menys l’aigua perduda per evapotranspiració i infiltració, així com el volum d’aigua demandat per les diferents activitats.

D’aquesta manera, el balanç hídric a la principal conca hidrogràfica de la comarca de l’Alt Empordà, la del riu Muga, presenta un valor positiu en els tres tipus d’escenaris (any pluviomètric humit, sec i mitjà) gràcies a que els valors de les precipitacions, les escorrenties i les reserves d’aigua són superiors a la de les altres tres variables que resten aigua al balanç hídric final (evapotranspiració, infiltració i demanda d’aigua).

Si s’analitza aquest balanç pels diferents trams i subconques de la Muga s’observa un augment del volum d’aigua positiu a mesura que ens apropem a la capçalera de la conca, ja que són els espais on les precipitacions són més importants, i on les demandes d’aigua són més petites i les condicions climàtiques, edàfiques i de relleu són més favorables.