L'escala amb què habitualment treballen els estudiosos del territori supera qualsevol presentació rigorosa i exhaustiva de tots els grups taxonòmics animals que hi habiten, entre altres coses pel fet que la fauna és difícilment cartografiable i necessita unes tècniques de tractament i anàlisi diferents a les habituals. Una altra limitació que deriva d’un atribut inherent al regne animal és la mobilitat que, en alguns casos, desafia fronteres i arriba a incloure tot el planeta (aquest seria el cas d’algunes aus migratòries). Mentre alguns vectors territorials es deixen representar amb més docilitat, el poblament faunístic no es abordable amb facilitat. Per acabar-ho de complicar, algunes espècies ara hi són i ara no; això significa que les seves fenologies, tot i ser molt conegudes, presenten patrons molt diferents. Algunes d’aquestes només estan a casa nostra a l’estiu, les altres són hivernants i les altres tan sols hi són presents en moments de pas. Aquest fet es veu afectat també per les fluctuacions anuals que poden manifestar les poblacions que tenen fenologies que requereixen territoris molt diferents, fent que hi hagi anys amb una densitat demogràfica important i d’altres amb molts pocs representats, o fins i tot amb cap individu.
Les dinàmiques territorials imposades per l’activitat humana han canviat profundament la fesomia paisatgística i han afavorit l’aparició de nous hàbitats i escenaris fins aleshores inexistents. En altres casos, l’actuació premeditadament intervencionista i dirigida a afavorir la fauna ha donat com a resultat enclavaments de gran riquesa faunística, com serien els actuals aiguamolls de l’Empordà. Des d’un principi, la instal·lació de l’agricultura a la plana altempordanesa ha contrastat fortament amb l’activitat silvopastoral que s’ha dut a terme a la muntanya. Una terra que, progressivament, ha presenciat un èxode migratori que ha portat a l’abandonament de bona part de l’agricultura marginal de vinya i d’olivera que encara subsistia fa uns anys, de la qual no en resten més que unes terres feixades harmoniosament que comencen a quedar envaïdes i cicatritzades per la vegetació espontània.
L’Alt Empordà també ha estat destí hivernal, des de temps ancestrals, per a molts pastors transhumants, pràctica que encara es manté en l’actualitat gairebé de forma relictual. Actualment perviuen dos únics pastors de vaques transhumants a tot el sector del litoral empordanès nord, ocupant prats de pastura hivernals del cap de Creus i closes empordaneses, que testimonien un passat de moviments estacionals del bestiar, ja pràcticament caigut en l’oblit (Atles comarcal de Catalunya, Alt Empordà, ICC, 2006).
Per altra banda, la costa empordanesa, una de les més ben conservades que encara romanen inalterades al nostre país, constitueix una línia d’interfase de gran diversitat on es troben simultàniament espècies que anomenaríem d’interior juntament amb altres de procedents de l’ambient marí.
A continuació es presenten les comunitats faunístiques més importants i singulars a l’Alt Empordà que, bé per la seva raresa o pel bon estat de conservació amb què encara es troben les seves poblacions, adquireixen un elevat valor patrimonial pel que fa a la preservació de la biodiversitat. L’anàlisi es dividirà segons la presència a la comarca de fauna de tipus invertebrada, herpetològica (amfibis i rèptils), ornitològica (aus), peixos i, finalment, mamífers.
Presència d’invertebrats
Des de la prohibició dels tractaments aeris contra els mosquits, han augmentat molt totes les poblacions d'invertebrats, sobretot dípters, papallones, libèl·lules i crustacis, especialment a la zona dels aiguamolls.
A la muntanya altempordanesa, es fa necessari destacar l’aparició freqüent a les fagedes de l’Albera d’un insecte ben atípic pel que fa a la seva coloració blavosa: es tracta del banyarriquer del faig (Rosalia alpina). És un escarabat (dels poquíssims que protegeix la legislació catalana) associat a boscos de faig més aviat madurs, amb abundància de fusta envellida que constitueix la base alimentària de la seva larva i que s’erigeix com a indicador de la maduresa dels ecosistemes forestals.
Dels nombrosíssims invertebrats que habiten les terres de la comarca, no es pot obviar un comentari entorn de l’estatus que presenta el cranc de riu autòcton (Austrapotamobius pallipes spp. lusitanicus) si bé es troba restringit a unes poques capçaleres de la conca hidrogràfica de la Muga.
Per altra banda, a les basses de l’Albera, entre la Jonquera i Cantallops, tot i que també als aiguamolls de l’Empordà, existeix una espècie que es troba protegida per la legislació internacional i figura en la llista d’espècies amenaçades; es tracta de la sangonera (Hirudo medicinalis), actualment en forta regressió a causa de les antigues captures i la pèrdua d'hàbitat.
Dins dels invertebrats també seria destacable la presència d’un representant del grup de les nàiades (musclos d’aigua dolça, en termes populars, l’Anodonta cygnea), encara abundant a l’embassament de Boadella i present també en altres estanyols del massís de l’Albera, de cap de Creus i en alguns canals de rec amb marges no construïts.
Al cap de Creus, destaquen tres espècies que pel seu interès han estat protegits. Són el coleòpter Pseudochlamys raholai, l'heteròpter Campylosteia serena i, sobretot, el cargol Mastigophallus rangianus, espècie endèmica del cap de Creus.
Pel que fa a les espècies marines, la península del cap de Creus, declarada Parc Natural l’any 1998, encara es troba lliure de la proliferació urbanística i de la construcció de ports esportius que trenquin les dinàmiques costaneres. Per a la fauna, aquest Parc suposa una notable expansió de territori protegit que a la llarga hauria de culminar amb el disseny i la implementació de corredors biològics que lliguessin amb els aiguamolls de l’Empordà i amb el paratge de l’Albera (seria desitjable estendre’ls fins a l’Alta Garrotxa). Si haguéssim de referir-nos a alguna espècie que destaqui per la bona conservació, parlaríem del corall vermell (Corallium rubrum). Espoliat arreu de la Mediterrània fins a fer-se escàs, encara sobreviu a la Reserva Marina de les Medes i a la zona del cap de Creus. Malgrat la protecció que tenia actualment, la regulació de la pesca submarina i de les immersions derivades de la declaració del Parc portaran a una recuperació de la seva distribució.
Per altra banda, també és remarcable la presència de gorgònies (Paramuricea sp.) i, respecte els crustacis marins, cal destacar el llamàntol (Homarus americanus) i la llagosta (Palinurus elephas).
Presència herpetològica (amfibis i rèptils)
Pel que fa als representants herpetològics més significatius i singulars, destaca la possible presència del tritó pirinenc (Euproctus asper), que en cas de confirmar-se les observacions recents, delataria una marcadíssima variació ambiental si tenim en compte els pocs quilòmetres recorreguts des del nivell del mar fins als indrets on habita aquest urodel de distribució centreeuropea.
L’Alt Empordà, per altra banda, alberga una població consolidada d’escurçó pirinenc (Vipera aspis), un poblador habitual de la nostra muntanya que ha anat reduint la seva àrea de distribució sense gaudir de cap mesura de protecció, resultant ser l’únic rèptil no protegit per la legislació catalana.
També una menció especial es mereixen altres dues espècies: la granota roja (Rana temporaria) i el lluert (Lacerta viridis). Es tracta d’espècies de tendència menys mediterrània que ens marquen la transició entre l’ambient de la plana i el que serà la muntanya septentrional catalana. Curiosament, el lluert té una distribució discontínua amb una població isolada al Parc dels Aiguamolls de l’Empordà.
Entre els ofidis, apareixen dues espècies amb més entitat que les altres pel fet que són menys abundants, com ara la serp d’Esculapi (Elaphe longissima) i la serp verda i groga (Colubber viridiflavus), les dues escasses però presents principalment al massís de l’Albera, sobretot a les zones més obagues i enlairades. Aquestes es tracten d’espècies típicament de tendència eurosiberiana. Tanmateix, també es troben espècies de tendència ibèrica, com el llangardaix comú (Lacerta lepida), la granota verda (Rana perezi ), el sargantaner gros (Psammodromus algirus), la serp verda (Malpolon monspessulanus) o la serp blanca (Elaphe scalaris) que ocupen els llocs més secs i assolellats.
En aquest punt val a dir que, lligat a la presència d’ofidis de totes les espècies i als hàbitats oberts de vegetació, a l’Alt Empordà hi trobem una població d’àguiles marcenques (Circaetus gallicus) molt important, que basa la seva alimentació fonamentalment en les serps i llangardaixos.
Però una de les espècies més singulars és la tortuga mediterrània (Testudo hermanni), tan habitual als nostres jardins anys enrere, i que ara només es localitza en tres nuclis poblacionals en estat salvatge a Catalunya: un és al massís del Garraf, un altre al delta de l’Ebre (en ambdós casos es tracta de poblacions reintroduïdes), i l’altre a l’Albera, que és l’única població autòctona de tota la península Ibèrica.
Sense cap mena de dubte, es tracta d’un dels pobladors més emblemàtics de l’Alt Empordà que ha quedat profundament afectat pel setge del foc i per la seva incapacitat de fugir-ne d’una manera eficaç, a més del canvi en els usos del sòl i la captura que se n’ha fet per a utilitzar-ho com a animal de companyia. Per això, degut al seu greu perill d’extinció i el relicte poblacional que representa, l’espècie ha estat objecte d’una protecció especial. Després del programa de cria en captivitat i posterior alliberament, s’intenta estabilitzar aquest únic nucli autòcton de tortuga mediterrània. La seva captura és totalment prohibida, i per a preservar-ne l’hàbitat s’han creat dues reserves naturals parcials i existeix un Centre de Reproducció de Tortugues (CRT del Santuari del Camp, a Garriguella).
A més, a la comarca hi fa acte de presència una de les millors poblacions de Catalunya de tortuga de rierol (Mauremys leprosa), sobretot a tota la conca de la Muga i als aiguamolls, tot i que escassament al cap de Creus. Per altra banda, el nucli de població que ha aparegut als recs del Parc dels Aiguamolls de tortuga d’estany (Emys orbicularis) es troba bastant isolat en el conjunt de la comarca i no està clar que representi un poblament autòcton. També es localitzen poblacions de tòtil granoter (Dyscoglossus pictus) als aiguamolls de l’Empordà.
Per contra, també cal destacar la presència de la tortuga de Florida (Trachemys scripta elegans), espècie exòtica invasora, molt agressiva i depredadora d’espècies autòctones, que prové de l’alliberament a rius i estanys per part dels seus propietaris. El Departament de Medi Ambient i Habitatge de la Generalitat de Catalunya, així com diverses entitats dedicades a la conservació de la natura, esmercen esforços en l’eradicació d’aquestes espècies de la natura.
El cap de Creus és un altre indret important en quant a la presència d’amfibis, on s’hi troben representades poblacions de gairegé totes les espècies presents al país, incloent-hi la menuda reineta (Hyla meridionalis) o el gripau comú (Bufo bufo). D’entre els rèptils més freqüents en aquest espai destaca el dragó (Tarentola mauritanica).
Finalment, com a espècie marina cal destacar la presència a les costes empordaneses de la tortuga mediterrània, principalment l’espècie Caretta caretta o tortuga boba.
Presència ornitològica (aus)
La llista d’espècies d’aus a l’Alt Empordà és molt important. No obstant, només es citaran les més singulars, rares i les que mereixin una consideració especial per l’estat actual de les seves poblacions.
En aquest sentit, cal iniciar el capítol amb el màxim exponent dels rapinyaires diürns a la comarca: l’àguila daurada (Aquila chrysaetos). Tans sols resten dues parelles nidificants a l’Alt Empordà, una a l’Albera i una altra al terme municipal d’Albanyà, a l’Alta Garrotxa. És precisament a l’extrem oriental del Pirineu axial, als voltants dels massissos de les Salines i l’Albera i fins la península de cap de Creus, on encara es pot veure aquesta au emblemàtica.
També cal fer especial menció a altres espècies força singulars. A la zona dels aspres ha sobreviscut l’esparver cendrós (Circus pygargus), una espècie escadussera tot i que la població està augmentant a Catalunya per les terres de ponent. Es tracta d’un representant del grup de les arpelles que antigament niava a les nostres planes conreades i que ara ho fa sobretot a les garrigues; de mica en mica la utilització de varietats agrícoles cada vegada més primerenques i la mecanització de la sega van anar portant a la perdició la major part de les seves pollades. Però actualment, per mitjà de la localització de nius i de subvencions per retardar la sega, i amb el suport d’un programa de cria en captivitat i posterior alliberament per part del Departament de Medi Ambient i Habitatge, el nombre de parelles s’ha anat estabilitzant. Els darrers anys a l’Alt Empordà hi ha hagut entre 4-7 parelles nidificants que crien a la garriga del Montgrí, als aspres d’Avinyonet de Puigventós i rodalies, o en alguns camps de Viladamat i Bellcaire d’Empordà.
Per altra banda, hi és present una altra espècie, en aquest cas arribant a formar uns quants nuclis on s’ha aconseguit fixar una població a partir d’exemplars criats en captivitat: el xoriguer petit (Falco naumanni). Es tracta d’una espècie antropòfila que, malgrat tot, ha esdevingut bastant rara a Catalunya. El motiu d’aquest fet rau en l’enverinament del seu component dietètic principal: els insectes. Tanmateix, també en la desaparició i el tancament dels forats de les construccions rurals i ermites que anys enrere constituïen els seus llocs de nidificació preferent, hi trobem l’altra causa de la seva extinció, l’any 1987 a l’Alt Empordà. Com a nuclis reproductors actuals, s’haurien de destacar els que hi ha vora del municipi de Garriguella, un altre que es troba prop de Rabós i, el més exitós de tots pel que fa a la productivitat (afavorit pels incendis recurrents que en aquest cas afavoreixen l’aprovisionament de menjar en zones obertes) a la zona de la Balleta. També hi ha hagut un projecte menys reeixit a cap de Creus.
Seguint amb el repàs de singularitats ornitològiques, als penya-segats septentrionals de la comarca encara hi ha l’àguila cuabarrada (Hieraetus fasciatus), espècie de la qual va disminuir dràsticament el nombre d’exemplars amb la davallada de la seva presa bàsica (el conill), sumat a la mixomatosi i a una malaltia hemorràgica vírica que van patir les seves poblacions. A hores d’ara ha trobat un recurs alternatiu en les nombroses perdius sistemàticament alliberades pels caçadors, tot i que, més esporàdicament, a vegades recorren a la captura de coloms i de gavians, especialment als indrets costaners. Actualment hi ha quatre parelles que, amb alguna intermitència, acaben criant regularment, dues d’aquestes a cap de Creus, una al Montgrí i una altra a la Balmeta.
La riquesa ornítica també s’extén a les àrees de bosc que sovintegen a la comarca, on darrerament ja apareixen moltísimes cites d’un ocell que abans es considerava rar i que ha passat a ser comú: el picot garser petit (Dendrocopos minor), força abundant als boscos de ribera. A l’estany artificial del castell de Requesens i a la riera d’Anyet encara és habitual la presència de dues espècies d’ocells vinculades als cursos d’aigua, la merla d’aigua (Cinclus cinclus), una espècie poc ubiqüista que té aquí un dels únics punts de la comarca i el més oriental de la seva distribució a la península. També el blauet (Alcedo atthis), una altra espècie aquàtica indicadora de bona qualitat de les aigües, és abundant als cursos fluvials de la comarca. De fet, el blauet cria als talussos de les zones de ribera de cotes més baixes i es va fent més escàs riu amunt.
Dues espècies més que es mereixen una consideració d’honor són la trenca (Lanius minor), que en aquests moments es troba en perill crític (actualment amb 10 parelles, que constitueixen una de les dues úniques poblacions ibèriques -l'altra es troba a les planes de Lleida-Osca-; a més, des de l’any 2002 ja no cria als aiguamolls de l’Empordà) i el còlit negre (Oenanthe leucura), pràcticament desapareguda del seu nucli de cap de Creus. Les dues són espècies pròpies de medis molt oberts amenaçades pel tancament de la vegetació com a conseqüència del descens en la pràctica de la ramaderia extensiva. Tanmateix, encara romanen com a exponents interessants algunes poblacions d’ocells esteparis i mediterranis propis de llocs eixuts i medis oberts com la terrerola (Calandrella brachydactyla), el còlit ros (Oenenthe hispanica), el trobat (Anthus campestris), l’hortolà (Emberiza hortulana), el gaig blau (Coracias garrulus), i el botxí (Lanius meridionalis), els quals estan experimentant una regressió arreu del país, per la qual cosa adquireixen un valor patrimonial encara més important.
Però la llista d’espècies d’ocells és molt més llarga. Al massís de l’Albera s’han arribat a detectar més de 200. Com a més destacables caldria citar el duc (Bubo bubo), la perdiu xerra (Perdix perdix), el picot graser gros (Picoides major), el pica-soques blau (Sitta europea) o el tallarol de garriga (Sylvia cantillans).
Al cap de Creus, els ocells són el tipus de fauna més destacada dels vertebrats terrestres. Per les seves característiques geogràfiques i botàniques, aquest és un indret privilegiat pel que fa a l'observació d'ocells, especialment a la primavera i la tardor quan es produeixen els moviments migratoris. A més de l'àguila cuabarrada, el falcó pelegrí (citats ja al començament del capítol) o el duc (present també a l’Albera), cal destacar la presència d’altres ocells, pròpiament marins, com diverses espècies de gavines, el corb marí emplomallat (Phalacrocorax aristotelis), les bàldrigues (Puffinus sp.), els xatracs (Sterna sp.) o el mascarell (Sula bassana).
Altres espècies nidificants destacables en l’entorn del cap de Creus són el martinet menut (Lxobrychus minutus), amb 35 parelles, l'ànec xarrasclet (o roncaire, a l'Empordà) (Anas querquedula), amb 4 parelles, la polla blava (Porphyrio porphyrio), reintroduïda l'any 1989 a partir d'exemplars procedents de Doñana i que actualment composen ja una població d’uns 150 exemplars, el rasclet (Porzana pusilla), amb unes quantes parelles, i la trenca, en greu perill com ja s’ha esmentat abans.
No obstant, un dels millors punts d’observació d’aus per excel·lència, amb més de 320 tipus d’espècies identificades, són els Aiguamolls de l’Empordà. Durant l'època de migració primaveral, els aiguamolls són un refugi insubstituïble quan bufa la forta tramuntana. En aquestes circumstàncies, que a vegades poden allargar-se durant uns quants dies, es sedimenten al parc centenars d'anàtids, limícoles, ardèids, passeriformes, volades de flamencs, de cigonyes, etc., tot cercant descans i alimentació per travessar els Pirineus quan pari el vent i poder així continuar el seu viatge cap el nord.
També a l'hivern el Parc ha passat a ser un lloc important per a l'estada d'ocells aquàtics, superant els 2.000 exemplars, els anàtids i fotges que arriben cada hivern -la mitjana d'hivernada abans de la creació del Parc era de 400 ànecs i fotges, i hi destacaven el nombre d'ànecs collverds (Anas platyrhynchos) i xarxets (Anas crecca).
El lloc és també important per a la hivernada d'esplugabous (Bubulcus ibis) amb uns 5.000 exemplars, així com per al capó reial (Plegadis falcinellus) que porta uns quants anys passant l'hivern aquí. Es veuen grans volades de fredelugues (Vanellus vanellus) i al mar es poden observar cada any les calàbries agulles (Gavia arctica).
En general, les poblacions han experimentat un augment molt important des de la constitució d’instruments legals de protecció d’aquests espais l’any 1983. Així per exemple, i segons dades del Departament de Medi Ambient i Habitatge actualitzades el 2003, el bitó (Botaurus stellaris) va passar de no nidificar a tenir 6 parelles l'any 1997, la cigonya (Ciconia ciconia) de cap parella a 16 el 1997, l'arpella (Circus aeruginosus) d'una parella a 15, i l'ànec collverd (Anas platyrhynchos) de 200-250 parelles a unes 2.500. Cal dir que el bitó és una de les dues espècies presents a Catalunya amb suport de la Unió Europea a través dels fons del programa LIFE (l’altre espècie és el fartet, un tipus de peix del que es parlarà més endavant), i la recuperació de la cigonya s’ha aconseguit gràcies a un projecte per tal de sedentaritzar una part de la població (mitjançant la cria en captivitat) i evitant, així, que tornéssin a l’Àfrica, on tenen moltes possibilitats de ser caçades). D’altra banda, la polla blava, introduïda al cap de Creus, també ho fou a punts dels aiguamolls, consolidant-se amb una població estable.
Finalment, com a darrera puntualització, cal esmentar que, tot i que no se n’hagui avistat cap, bona part del sector oest de l’Alt Empordà està inclós en la delimitació de l’àrea afectada pel Pla de recuperació del trencalòs a Catalunya, regulada pel Decret 282/1994, de 29 de setembre (DOGC num 1972-14.11.1994).
Presència de peixos
Si bé l’embassament de Boadella ha constituït un hàbitat artificial aprofitat per aus aquàtiques com les de la família dels ardèids o les anàtides, entre d’altres, també és cert que ha estat la causa de profundes alteracions en els règims hídrics de l’Alt Empordà i ha estat objecte de nombroses introduccions de peixos d’espècies exòtiques, algunes d’actives depredadores, com la sandra (Sander lucioperca) o el black-bass o lubina negra (Micropterus salmoides), les quals han ocasionat profunds desgavells ecològics a les poblacions íctiques autòctones.
Deixant de banda l’embassament, la nombrosa presència d’espais humits de l’Alt Empordà, tot constituint un mosaic dispers per tota la plana empordanesa, configura un reticle interessantíssim pel manteniment de la connectivitat funcional d’aquest territori. Caldria destacar-ne els prats inundables dispersos, les closes, els recs o els estanys.
D’altra banda, la muntanya mitjana empordanesa, amb la Muga i alguns cursos de l’Albera, ens reserva les úniques poblacions de truita comuna (Salmo trutta spp. fario) que encara romanen a la comarca, si bé és cert que, amb l’aprofitament piscícola, es fa necessari reforçar les seves poblacions mitjançant la repoblació. També cal destacar-hi la presència del barb de muntanya (Barbus meridionalis), que viu a les netes i oxigenades aigües de la capçalera de l’Anyet i de l’Orlina.
A més, es pot trobar a l’Alt Empordà un altre peix que mereix una especial atneció. Es tracta de l’espinós (Gasterosteus gymnurus), un peixet que presenta poblacions ben discontínues a Catalunya i manté densitats altes i presència estable en uns pocs trams dels afluents de la banda nord de la Muga, com per exemple al tram baix del el%20Llobregat%20d@Empord%C3%A0;SZFr">Llobregat d’Empordà (dins el terme municipal de Peralada). També té presència estable al curs baix de la riera de Pedret (presència sempre lligada a una major qualitat de l’aigua respecte altres cursos de la plana, a la menor presència de depredadors introduïts i a la vegetació submergida abundant on hi troba refugi).
No obstant, és als aiguamolls de l’Empordà on els peixos tenen importants i bones poblacions, essent els més abundants la carpa (Cyprinus carpio), el joell (Atherina boyeri), les llisses (Mugil cephalus, Liza ramada) i les anguiles (Anguilla anguilla).
Però una de les espècies potser més emblemàtiques, fruit de la seva raresa i de la seva importància internacional, és el fartet (Aphanius iberus), localitzat a poblacions isolades dels aiguamolls de l’Empordà. Aquesta es tracta d’una de les dues espècies presents a Catalunya amb el suport d’un projecte LIFE de la Unió Europea, que busca la protecció i consolidació de les seves poblacions degut al risc d’extinció que presenta.
Com a espècies marines, d’entre totes les presents a les costes empordaneses, cal destacar el sard (Diplodus sargus), l'oblada (Oblada melanura), la salpa (Sarpa salpa), l'escórpora (Scorpaena scrofa) i el nero o anfós (Epinephelus guaza). Sense oblidar l’observació de pas del tauró pelegrí (Cetorhinus maximus) en les seves rutes migratòries.
Presència de mamífers
Compartint la terra amb tota la fauna silvestre que hem anat comentant, l’Albera alberga una població de vaca autòctona anomenada vaca fagina (o vaca de l’Albera). És un bòvid negre, de mida petita i molt resistent al fred, encara que poc productiu, adaptat perfectament a viure en règim de llibertat; de fet, els seus costums estan més acostades a les dels animals salvatges que a les dels domèstics. El nombre dels seus exemplars ha anat minvant dràsticament en el temps, a causa sobretot del baix rendiment carni, i en l’actualitat s’estan efectuant esforços per part de propietaris i de l’administració per tal de recuperar-ne les poblacions.
La comarca té altres projectes interessants de recuperació de races domèstiques autòctones, entre les quals podríem destacar la vaca marinera, el guarà català (o ase català) i també la gallina empordanesa.
Algunes incursions esporàdiques de mufló (Ovis musimon) procedents de la comarca del Ripollès i de la zona d’Albanyà, així com també d’alguns nuclis poblacionals del sud de França, van fer prosperar aquest ungulat a l’Alt Empordà. No obstant això, tement una explosió demogràfica (recordem que s’hibrida amb l’ovella) que pogués arribar a perjudicar competitivament les poblacions d’isard de la comarca del Ripollès, la seva expansió no va reeixir i s’ha seguit una política d’erradicació.
A la muntanya també podem trobar exemplars aïllats (més que no pas poblacions) de daina (Dama dama), de cérvol (Cervus elaphus) i de cabirol (Capreolus capreolus); aquest últim, que es troba en franca expansió i penetra progressivament a les zones de la comarca on el bosc és més frescal i cobert, procedeix de les contrades franceses i de repoblacions més o menys programades recentment a cap de Creus per iniciativa dels caçadors. Les tres espècies no constitueixen nuclis estabilitzats sinó que més aviat es tracta d’exemplars que s’han escapat d’alguns tancats de caça major que hi ha a l’Alt Empordà.
És a la zona del massís de l’Albera on la diversitat de mamífers que es troben es fa més notable, comptabilitzant-se fins a 44 espècies, el que suposa gairebé el 75 % del total dels mamífers de Catalunya. Destaquen, a més dels que ja s’han citat, la presència del porc senglar (Sus scrofa), la llebre (Lepus europaeus) i el conill (Oryctolagus cuniculus). Dels carnívors, el més abundant és, sens dubte, són la guineu (Vulpes vulpes), però també trobem el gorja blanc (Martes foina), la mostela (Mustela nivalis), el turó (Mustela putorius), la geneta (Genetta genetta) i el gat salvatge (Felis sylvestris).
Entre els petits mamífers podem esmentar la rata cellarda (Eliomys quercinus), el liró gris (Glys glys), el ratolí de les collites (Micromys minutus) i el talpó muntanyenc (Microtus agrestis).
Tornant al cas de la daina, tot i que la seva presència a la muntanya és força escassa, existeix l’exepció del nucli de daines que es troben a la Reserva del Parc dels Aiguamolls, reintroduit l’any 1987. Al ser un herbívor de maresme, es pretenia mantenir a ratlla el creixement de la vegetació tot fent un maneig de l’hàbitat de forma indirecta, però al no haver-hi grans depredadors, la població ha crescut tant que actualment se n’han d’eliminar uns quants exemplars periòdicament per evitar la seva excessiva proliferació i causin, a més, problemes a àrees externes del parc, com el risc en la circulació viària.
També cal fer un especial esment amb un projecte de reintroducció de la llúdriga (Lutra lutra), que va començar amb l’alliberament d’exemplars a la zona dels aiguamolls i que, de mica en mica, s’han anat estenent per les conques de la Muga, del Fluvià i d’aquí cap a altres punts de la nostra geografia extracomarcal.
En quant als mamífers marins, és imperatiu fer esment de les freqüents observacions de dofí mular (Tursiops truncatus) i de dofí comú (Delphinus delphis), sense oblidar tampoc l’observació de pas de rorqual comú (Balaenoptera physalus) en les seves rutes migratòries cap al mar de Ligúria. Fins a l’any 1973 encara hi havia observacions del vell marí (Monachus monachus); però aquesta espècie de foca es considera extinta a les nostres aigües.