La Llei d'Organització Comarcal de Catalunya estableix que el Consell d'Alcaldies és un organisme integrat pels alcaldes de tots els ajuntaments de la comarca (68 en el cas de l’Alt Empordà) perquè informi el Consell Comarcal de les propostes que siguin d'interès per als municipis, abans de sotmetre-les a l'aprovació del ple del Consell Comarcal.

La llei estableix que el Consell d'Alcaldies ha d'emetre prèviament un informe sobre diferents qüestions, entre les quals l'aprovació del programa d'actuació comarcal, l'aprovació del reglament orgànic i de les ordenances, els acords sobre la creació i l'establiment dels serveis comarcals, entre altres qüestions.El Consell es reuneix com a mínim un cop cada tres mesos i és convocat pel president del Consell Comarcal.

El Consell d’Alcaldies és també un òrgan de suport del Consell en tant que determina les prioritats comarcals a partir de les necessitats dels municipis. Altres funcions que executa són les de proposar solucions a problemes administratius i del funcionament de serveis públics que els afectin, emetre informes sobres matèries de competència comarcal, proposar solucions o sistemes alternatius supramunicipals i la seva forma de gestió o altres formes associatives per a finalitats d’interès públic i ser informat del pressupost de la Corporació i dels diversos programes comarcals.